Biblioteca a luat ființă în 31 iulie 1798 din inițiativa episcopului romano-catolic al Transilvaniei, Batthyani Ignac (1741 - 1798). Tezaurul cultural este constituit din manuscrise și rarități tipografice de o incontestabilă valoare documentar-științifică și bibliofilă. Biblioteca grupează opere medievale tradiționale, alături de ediții complete ale operelor autorilor greci și latini sau ale umaniștilor italieni, germani și francezi (în original sau în traduceri). Cel mai vechi incunabul al colecției este Summa de casibus conscientiae a lui Astesanus de Ast (1466).
Alte lucrări valoroase sunt: Ovidiu, Epistulae heroides (1494), prima ediție a operei lui Homer (1488), Aristofan, Comoediae (1498), Aristotel, Opera Graecäe (1495 - 1498), ediția operei lui Titus Livius etc. Biblioteca mai conține o colecție impresionantă de biblii (circa 660 de ediții, tipărite în 30 limbi și dialecte), arhiva Capitlului romano-catolic de la Cluj-Mănăștur, corespondențe episcopale, o colecție numismatică (piese antice și feudale, bancnote, medalii), colecție de ex-libris-uri, precum și sigilii (piese din secolele XVIII - XIX), minereuri, moluște, instrumente științifice, orologii, obiecte de artă religioasă, țesături, tablouri (portrete ale unor personalități religioase și princiare din Transilvania medievală), alături de câteva piese preistorice și antice. Deține bunuri culturale clasate în Tezaurul patrimoniului cultural național.